hmmer搜索提取结构域时出现错误

利用hmmer进行二次搜索提取序列时,按照命令把E值设为0.1或者稍大一点1e-5,怎么出提示错误?如果把E值设为1e-10可以正常运行。

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实际上我在做第一次搜索提取序列时也出现了错误,课件里的evalue值是1.2e-28,我在运行时也出现上面这种错误,当我把值修改为1e-20时,可以正常运行,这个是怎么回事?


我的HSP20_hmm_out.txt文件是

attachments-2019-10-Ad4Let4e5dba8b7de48a5.png

第二次搜索后的HSP20_domain_new_out_removed_redundant.txt文件为

attachments-2019-10-gZvKiZNq5dba8bd4148ab.png用0.1来筛选获取序列出现错误。

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

二次搜索是可选分析,你确定你的家族需要二次搜索?

第二次你的文件是不是编辑过,导致脚本读取基因上结构域的位置出现偏差?

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