各位老师，想问一下关于LAI评估基因组组装质量的问题

我用ltr-finder 找ltr，然后用ltr-retriever 计算LAI，基本跑通了，但是遇到点问题如下：

1 有个小警告，但是可以继续运行

2 最后结果总是ltr太少，我想知道是我的运行的命令问题还是我输入的基因组有问题呢？

3 我输入的是全基因组fasta文件，总共344M，把它分成了8 个小库分别运行，每个.fa 与.scn 都是对应的。我的命令是：

./app/LTR_Finder/source/ltr_finder -D 15000 -d 1000 -L 7000 -l 50 -p 20 -C -M 0.8 ./rawdata/smdlt_test.fa > ./rawdata/smdlt.finder.scn

./LTR_retriever/LTR_retriever -threads 4 -genome ./rawdata/1.fa -infinder ./rawdata/1.finder.scn

各位有用过这个软件的吗？谢谢大家了~~~

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1 个回答

安生水 2019-10-28 18:02

擅长：perl,基因家族,linux,chip-seq

不太了解，没有用过这个软件。