差异基因数量太多,通过GO富集分析筛选一部分,再进行蛋白互作,可行吗?

老师:

     您好!

     我的样本是加工过程不同时间点的样本转录组FPKM数据。

第一步、通过主成分分析选出10000个基因(共50000个),另外,通过STEM趋势分析得到两组显著差异的集合分别包含18000个基因和5000个基因。

第二步、分别对这3组基因集进行GO富集,筛选出层级大于7,P值小于0.5的富集基因,分别包含700(10000个),1200(18000个),176(5000个)

第三步,将700,1200,176分别进行蛋白互作,用mcode找到得分最高的子网络,进而找到核心基因。


请教老师,这样的筛选可行吗?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

基因的筛选方法很多,自己如果有筛选思路也是可行的;

如果做蛋白互作建议使用WGCNA方法筛选并做分析,可参考文献:https://www.omicsclass.com/article/954   https://www.omicsclass.com/article/946  等等

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