10 get_gene_exon_from_gff.pl 这个脚本提取不出CDS信息,无法绘制基因结构图

GFF文件如下:

attachments-2019-10-mXYPamV55d9d4d903b3fd.png


脚本信息:

attachments-2019-10-EbSFb3xz5d9d4dcc93c5f.png


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看脚本还有文件都没有问题,应该是文件格式问题,在linux系统中的换行符是\n  而在windows中的换行符为\r\n    有时候不小心编辑过GFF文件,编程windows中的换行符,所以导致程序无法正确找到基因的ID,因此出错。

解决办法:使用editplus或者notepad++把对应的\r  搜索删除掉,记得勾上正则表达式:

attachments-2019-10-iw0JdG1E5d9d4ed8bb5a5.png

为避免以后再出现系统不兼容问题建议统一编码UTF-8,设置方法见:https://www.omicsclass.com/article/395

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