我按照课件上的内容进行Blast分析串联重复基因，没有筛选得到串联重复基因。把比对的结果导出来后，找到我的基因家族的基因全长，通过计算发现相对于较长基因的比对率都很低，然后发现我的cds文件并不是基因的CDS，而是mRNA的序列，请问是不是mRNA会比CDS长而导致筛不到串联重复基因？基因组网站上没有CDS文件，只有mRNA文件，这种情况应该怎么处理？
再补充一个问题：用MCScanX来分析基因的串联重复的时候，找到了一对基因存在串联重复关系，而且从基因的染色体定位来看，这两个基因的位置也相距很近，这是怎么回事？
