我研究的物种没有基因组,能做基因家族分析吗?

最近做了个转录组实验,导师让我加点基因家族的东西进去,增加点分析内容,可是我们研究的物种没有参考基因组啊,网上的资料都是基于有参考去分析的。

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1 个回答

omics007

可以做一部分分析,有参物种(到染色体水平)常规的基因家族分析包含以下十条:

    1. 搜索基因家族成员蛋白保守结构域,鉴定基因家族成员;

    2. 预测基因家族成员的顺势作用元件;

    3. 构建系统进化发育树、根据您提供的分组信息在进化树上进行标示;并和1个其他物种的该基因家族一起做进化树;

    4. 基因家族成员MOTIF分析及绘图;

    5. 绘制基因结构图绘制基因的染色体位置图;

    6. 绘制基因的染色体位置图;

    7. MCScanX 共线性分析基因家族加倍分析,串联重复。 绘制基因组内基因家族成员共线性 circos 图;

    8. 计算串联重复基因的 KA/KS;

    9. 比较基因组分析:和选定的1个其他物种进行基因家族成员同源性分析;

    10. 结合转录组数据绘制该基因家族的表达量热图。

无参的,但是有转录组数据的话,鉴定是可以做的(当然可能不全了),另外进化树、motif、和其它物种做个同源性、做个表达量热图分析是可以的,其余条目做不了。作为转录组的一个补充分析还是不错的。

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