建议您将转录组数据按照有参转录组方式再重新分析一遍，然后再用作基因家族分析，如需要分析可以联系微信llcheng1314.
基于参考基因组 进行基因家族分析还是可以的，但是联合转录组分析的时候，无参分析得到的gene ID和参考基因组上的基因 对应的时候比较麻烦。
