关于wgcna模块内基因数目的问题

在进行WGCNA分析时,全部分析完之后。

table(moduleColors)

显示模块里面的数目

我的兴趣模块有600来个基因数

之后我在cytoscape那个文本里面,node文本里面,我发现只有400来个。

之后检查了下,cytoscape里面的node数目全都少于table出来的数目。

我不知道哪里出问题,我看也没有数据剔除。请老师回答下。

请先 登录 后评论

1 个回答

Daitoue

如果没有过滤 输出的node文本应该是完整的,不过,cytoscape用的应该是edge文本,这个往往会阈值过滤,具体的还是和代码相关

请先 登录 后评论