MCScanX共线性图与拟南芥示例有些不一样

老师您好！我按照课程先做了小麦基因组的共线性分析然后又进行了基因家族的共线性分析，基因家族成员大约有400多个，运行过程没有问题，但是最后得到的图片如下，基本看不到灰色的线,整个圈内都成了灰色的，family.ctl 文件如下图，请问老师这个是因为共线性关系太多了吗？如何调整参数得到合适的图片呢？

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3 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-02-13 13:11

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

建议用circos绘图完成这部分分析；

基因家族课程中有这部分绘图分析：《基因家族分析实操课程》

安生水 2019-02-13 13:14

擅长：perl,基因家族,linux,chip-seq

应该是共线性关系太多了，你可以看一下共线性关系的文件

Daitoue 2019-02-15 11:11

原因好像是染色体数量太多，亲测过~~如果绘图的时候染色体数量多，直接用MCScanX画图就这样了，直接用circos画图吧