预测启动子顺势作用原件 - 组学大讲堂问答社区

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老师你好

1.我在提取完序列后发现有的基因是这样的序列，这是怎么回事啊？这样的该怎么解决呢？

2. 为什么我根据视频里的教程提取出来的基因的位置信息，和我自己拿基因去NCBI寻找基因的位置出来的结果不一样而且差距很大呢？比如这个标记蓝色的基因，根据视频里出来的位置结果是2900649 2901248，而我自己找的话看到的位置是2834329 2835633，为什么会这样子呢？

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3 个回答

荀咪 2020-04-12 19:39

您好，请问您第一个问题解决了么，我也遇到了同样的问题，求解决

omicsgene - 生物信息 2019-01-11 20:03

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

不是一个ID，或者参考基因组不是一样吧

Daitoue 2019-01-11 17:49

1、预测顺势原件提取的是基因前面的1500bp?确定原fasta文件没有问题

2、关于不对应问题，没有太明白你的描述，如果同一个基因查找出来的位置不一致是否存在你利用的参考基因组不是同一版，（不同版本的参考基因组相同的ID是不是确实表示同一个基因，而确定真实为同一基因但是基因组版本不同组装结果也会不一样，位置会或大或小编号）