关于lncRNA的转录因子预测 - 组学大讲堂问答社区

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micro老师您好打扰您了对于转录因子预测的那个视频感觉真的很严谨特别好，通过TCGA数据转录组（mRNA+lncRNA）做差异分析，然后去做转录因子预测，往往发现，最后预测网络里的lncRNA特别少或者没有，能不能通过其他办法去提高lncRNA的数量或者更有针对性的去做转录因子预测

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1 个回答

microRNA 2018-12-24 09:34

1. 可以提取更长的promoter序列，我们课程中是提取500bp吧，你可以提取1000，甚至2000. 采用《TCGA-转录因子调控》课程中提供的“get_promoter.py” 脚本。

2. 差异表达分析可以放宽一些筛选条件，使得差异的TF更多一些，lncRNA更多一些，这样才能有更多的结果。