在做WGCNA分析时,已经找到最相关的模块,想要用其中的lncRNA和基因根据pearson's correlation coefficients做一个热图(行为lncRNA,列为基因),但是根据 课程的代码并没有看见这部分计算的结果在哪里,不知道这个pearson's correlation coefficients如何计算?谢谢~

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2 个回答

Daitoue

用WGCNA包里的corAndPvalue或者cor()计算,具体使用方法在Rstudio里面查询一下函数就可以了

还不明白就参考下面这个:

> dim(datExpr0)
[1]   24 2938
> similarity=cor(datExpr0,method = "pearson") > dim(similarity)
[1] 2938 2938

最终构成了一个大矩阵

参考链接:https://www.omicsclass.com/article/576

你适合第二种

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张婷婷 

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