circos图配置文件整理疑问

attachments-2018-11-NxjpnrCw5be446de4077d.jpg如上图所示,视频教程中老师提醒就是在每个文件下的rule中要注意修改,视频中展示的是拟南芥的MADS box基因家族的共线性分析,下方的这个rule 就只有几个染色体之间的对比,想问下有没有人知道这个地方具体怎么修改。是根据基因组中所有有共线性的区段所在的染色体进行对比,还是只写上基因家族内具有共线性的几对基因的染色体号之间的对比

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2 个回答

Daitoue

你圈选的那部分表示,1号和2号染色体之间的link 用color=255,225,255,04去染色而已,condition是设置一个条件,针对这个条件对所属的link进行设定。。。而已

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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

如果是要绘制基因家族共线性分析,类似下图,可将你截图中的<rules> </rules>之间的内容删除:

attachments-2018-11-3PPDq5qg5be4df64be4da.jpg

如果不删除就会得到下图结果,1号染色体和2号染色体条带颜色,4,5号染色体之间的条带颜色不一样:

attachments-2018-11-SkhsRYy45be4e002ef21b.jpg

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