TCGA基因表达文件中样本名称和临床资料中的样本名称不一样，如何对应？

基因表达文件中样品名称的格式是“TCGA-QH-A86X-01”

临床资料中样本名称格式是：“TCGA-MP-A4TD”

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1 个回答

microRNA 2018-07-10 10:35

这个需要了解一下TCGA的样品barcode编码方式：
Reading Barcodes
如果是临床信息的话，记录的是每一个病例的临床信息，也就是说，其barcode长度为前12位。

如果是基因表达文件的话，记录的是每一个病例的不同组织样品的基因表达情况，其barcode为15位。
所以只需要将基因表达文件中的barcode 提取前12位，就可以得到病例的编号。