MCscanX绘制共线性圈图的染色体信息文件family.ctl和基因家族信息文件如何获取?

老师,您好!我正在学习基因家族分析课程,利用MCscanX绘制共线性圈图

已经获得gff文件,collinearity文件

请问染色体信息文件family.ctl和基因家族信息文件gene_family.txt如何获取?

您说过gene_family.txt是”基因家族信息文件,写为一行,开头是基因家族名称,后面跟基因ID,由Tab键分隔“。这个可能就需要自己编辑。

但是关于染色体信息文件family.ctl的格式我有些不理解:

attachments-2018-10-qJR9TQav5bd6df90370b9.jpg请问这个family.ctl如何获取或者编辑呢?我研究的物种不是拟南芥。所以需要自己编辑这个family.ctl吗?

还望老师不吝赐教

万分感谢!

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

family.ctl:这是拟南芥的染色体编号,你换成你的基因组染色体编号就可以了; 保存一下;

同样:gene_family.txt,里面的是拟南芥的某个基因家族的基因ID列表,你换成你要研究的某物种某基因家族的基因ID列表,就可以; 

我课上用的都是拟南芥的额,你把所有的文件都换成自己的,不就是研究自己的基因组,以及自己研究的基因家族的共线性了吗?


请先 登录 后评论