一般BSA结果较差，可能由于以下原因：
（1）表型鉴定错误或偏差，影响混池效果；
（2）混池单株数过少，影响最后定位效果；
（3）选取的材料性状不够极端，对于数量性状，应当取极端性状5%-10%的样品作为混池样品；对于质量性状，取尽量多的隐性性状个体和等数量的显性性状个体即可；
（4）所研究物种与参考基因组物种亲缘关系较远，假阳性位点较多；
（5）亲本不纯，高杂合，子代混池中存在多种基因型，SNP检测和基因型频率计算可靠性低；
（6）数量性状由多微效多基因控制，导致出现多个△SNP-index相似的区间。