5 比对到参考基因组时,比对率较低的原因可能有哪些?


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最佳答案 2018-07-22 15:00

TopHat比对时,默认为2mismatch,即:readsreference2mismatch之内,就算mapping到了。当mappingrate较低时主要可能有2个原因:(1)由于reference组装不好,或者所测物种与reference的亲缘关系较远;(2)由于样品的特殊前处理或者相对于参考基因组此样品本身的变异太大,导致mapping rate相对较低。

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