MarkDuplicates (GATK)报错:打开的文件句柄过多(Too many open files)

使用GATK对bam文件进行去重操作的时候发现报错了

常见的预后预测的模型介绍

预后预测模型在医学和生物信息学领域中发挥着重要作用,用于预测疾病进展、治疗反应和生存率等重要临床结果。根据数据类型、研究目标和所需的解释性,可以选择不同的统计和机器学习模型。以下是...

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  • xun
  • 发布于 2024-02-21 14:06
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批量下载多个链接的文件

对象存储(Cloud Object Storage,COS)是由腾讯云推出的无目录层次结构、无数据格式限制,可容纳海量数据且支持 HTTP/HTTPS 协议访问的分布式存储服务,具有高扩展性、低成本、可靠安全等优点...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-02-21 14:00
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R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

例如在R语言中,rnorm()函数为随机生成多个随机数,每次使用都会得到不同的结果 > rnorm(3) [1] -2.0235077 0.3552526 0.6239982 > rnorm(3) [1] 1.101044 -1.297740 1.717356 如...

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  • rzx
  • 发布于 2024-02-19 14:26
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awk正则表达式使用外部变量

awk正则表达式使用外部变量

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-02-04 11:35
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vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

fa最新版vscode登录时会报错,因为一些系统基础软件版本太低了,所以如果不想回退版本,就需要更新一下 ▶ ldd --version #来看一眼自己的glibc版本 ldd (GNU libc) 2.37 Copyright (C) 2023...

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  • xun
  • 发布于 2024-02-02 14:24
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2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了!

快来参加组学大讲堂直播课程,两天时间实现SCI自由! 我们使用关键词“genome wide gene family”粗略统计了近3年基因家族分析类SCI数量:2021年1912篇,2022年2111篇,2023年1890篇。 考虑到...

lnd无法下载样本名称含有+的数据

linuxnd linuxnd是linux系统下载诺禾致源测序数据的软件,其基础功能如list、cp、cp -d 已经在这篇文章中给大家列出: https://www.omicsclass.com/article/2084 错误的产生 该软件在遇到...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-31 10:52
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代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-30 17:59
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R语言按列合并文件,并保持其中一个文件的原有顺序

1.join函数;2.创建新的顺序变量;3.inner_join函数

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  • 星莓
  • 发布于 2024-01-30 17:49
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CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LI...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-26 17:02
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桑基图绘制

桑基图是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名,此后便以其名字命名为“桑基图”。...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-23 17:49
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blast 中的e-value值如何理解?

对e-value值的by chance 进行解释

topGO报错

在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes(),其中提供的第二个参数不能有0,否则会报错: showSigOfNodes()拆分之后是: sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的       ...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-22 11:51
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扩增子序列直接物种注释代码

扩增子单条序列注释 汇总代码如下 import rewith...

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  • xun
  • 发布于 2024-01-22 11:23
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rMATS turbo使用

rMATS turbo使用

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-17 11:30
  • 阅读 ( 613 )

R语言使用ggraph绘图导出pdf报错——“invalid font type”

使用ggraph绘图,在结果导出pdf的时候报错,不可用的字体类型“invalid font type” 如果继续使用ggsave导出,可以直接载入字体: library(showtext) font_add('Times','/Library/Fonts/T...

seqcluster软件安装

seqcluster软件安装

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-10 13:38
  • 阅读 ( 561 )