cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system
cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-11-23 17:41
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每天学习一点点
绘制PCA图时，如何删除图例中图形符号下的字母？
在使用FactoMineR和factoextra包绘制PCA图时，如果图中每个样本显示样本名，那么该图的图例中，图形符号下面会有字母，如下图左；如果图中不显示样本名，那么图例符号下面就不会有字母，如下图...
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- rzx
- 发布于 2023-07-12 16:26
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rzx
omicsgene
星莓
安生水
小尺度的种群历史分析——∂a∂i原理解析
种群历史分析中我们最为关注的主要有以下三个方面：1.分化时间与顺序；2.种群大小；3.分化后群体之间的基因交流情况。通常我们会使用PSMC去进行种群历史变化的研究，但其更适用于百万年的大尺度分析，而2万年以内的变化则很难真实体现。 什么软件既能回答以上三个方面的问题，又不受时间尺度的局限呢？那就是∂a∂i！
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- Ti Amo
- 发布于 2023-09-26 11:21
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Ti Amo
多分组venn图绘制脚本
绘制多分组venn图时发现好多包都不支持，只能用原始的包，脚本如下 #!/share/work/biosoft/R/latest/bin/Rscriptargs <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)library(venn)library(VennDiagra...
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- xun
- 发布于 2023-05-30 18:05
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xun
GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序
打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图： 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】： 在弹出界面选择<Sort...
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- rzx
- 发布于 2023-11-16 14:49
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GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.
解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...
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- rzx
- 发布于 2023-12-15 10:23
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Remote Explorer for vscode
Remote Explorer 是vscode中最常用的extensions之一，然而，如果直接使用，随着时间的流逝，他会让你的家目录越来越臃肿，因为他的缓存数据.vscode-server默认存放在你的家目录， 但是该拓展内...
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- xun
- 发布于 2023-07-14 15:14
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circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色
circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性 bezier_radius=0r...
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- rzx
- 发布于 2023-11-22 11:41
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LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel
在对基因组进行评估的时候，LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-01-04 14:29
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