泛基因组视频课程介绍
在使用Rstudio Server出现卡顿,或者每次打开server都会加载之前的工作。 解决方法: 1. 清除工作区内项目信息 2. 在Termianal页面下删除session rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions...
群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流,迁徙,分化等,这些都会对等位基因频率产生显著影响。同样,我们可以通过等位基因频率去预估这些影响种群变化的历史事件。fastsimcoal2是一个可以用来模拟种群动态历史的软件。
在基因家族分析中,有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况,或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系,这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析,然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan,进行多物种的基因组共线性绘图。
Dsuite软件安装时编译报错
在日常的生信分析中,通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下,如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找,或者在染色体上对这些基因进行定位,那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。
gff文件第三列一般有gene,mRNA,CDS,exon等等信息,但是有时候我们下载的gff文件没有gene信息,只有mRNA等等的信息,我们可以实用脚本手动校正。
位点频谱SFS (site frequency spectrum),用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所占的频率。easySFS是一种高效构建位点频谱的工具,它可用于将VCF转换为dadi/fastsimcoal/momi2可接纳的格式进行人口统计分析。
Seqtk工具地址:https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令: 操作举例: 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式; seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ(Illumina 1.3+)格式...
轻松下载k8s.gcr.io,gcr.io,quay.io镜像
基因家族分析课程更新2.0
R安装units包报错解决方法
三代组装软件Flye安装及使用
目录下有个软链接的文件,想对它进行压缩或者解压,但是却报错Too many levels of symbolic links
使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换
空间代谢组学(Spatial Metabolomics)是整合质谱成像(Mass Spectrometry Imaging,MSI)和代谢组学(Metabolomics)技术,对动/植物组织中代谢物的种类、含量和空间分布进行精准测定的技术,...
REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释, 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
泛基因组可视化
统计每个窗口内SNP变异位点数量