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Minimap2安装与使用

minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序，也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...

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星莓
发布于 2023-05-12 11:07
阅读 ( 4712 )

MNP标记设计

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安生水
发布于 2023-05-08 16:22
阅读 ( 3799 )

安装gdal报错

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安生水
发布于 2023-06-13 11:31
阅读 ( 3587 )

nfs的一个缺陷

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omicsgene
发布于 2023-06-06 21:17
阅读 ( 3318 )

bam文件格式详解

BAM就是SAM的二进制文件，具有更小的存储空间，并且许多下游分析工具使用的是BAM格式。

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星莓
发布于 2023-05-16 10:00
阅读 ( 3254 )

构建一致性序列

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安生水
发布于 2023-05-19 11:33
阅读 ( 3074 )

NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

有时候我们从NCBI下载SRA文件时会发现，会有SRA Lite和SRA Normalized两种类型的数据，前者后缀是.sralite，其文件大小也比原始的SRA文件要小。这两种数据的区别是什么呢？

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星莓
发布于 2023-06-08 14:29
阅读 ( 2896 )

blastn使用教程及结果详解

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对

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星莓
发布于 2023-05-29 14:49
阅读 ( 2794 )

提取 VCF 文件中的基因型信息

VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...

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星莓
发布于 2023-06-15 15:59
阅读 ( 2792 )

回归分析中R2的意义

回归分析中R2指的是结果变量（y）的观测值与y的拟合（即预测）值之间的相关系数；因此，R的值将始终为正，范围为0至1。相关系数R2：表示你的曲线线性是否很好，理想状态是1，但是达不到。一般...

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rzx
发布于 2023-05-10 11:51
阅读 ( 2638 )

使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

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每天学习一点点
发布于 2023-11-01 13:53
阅读 ( 2531 )

Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。在Orthofinder结果文件中有一...

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rzx
发布于 2023-06-15 17:33
阅读 ( 2518 )

OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图： 1.1 （a）将所有物种的...

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rzx
发布于 2023-06-15 16:15
阅读 ( 2400 )

2023年秋季线下/直播培训火热报名中！

疫情已经结束，暌违已久的组学大讲堂线下培训回归了！这个暑期，组学大讲堂为大家准备了丰富多样的培训课程。

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生信老顽童
发布于 2023-06-08 10:03
阅读 ( 2301 )

典型相关性分析CCA与冗余分析RDA

1.典型相关（CCA）的基本原理canonical correspondence analysis 典型相关分析是研究两组变量之间关系的一种多变量统计分析方法，它可以反映两组变量之间的相互依赖的线性关系。设两组变量用x1...

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rzx
发布于 2023-05-09 17:37
阅读 ( 2098 )

使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

在基因家族分析中，有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况，或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系，这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析，然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan，进行多物种的基因组共线性绘图。

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每天学习一点点
发布于 2023-09-26 17:40
阅读 ( 1715 )

在日常的生信分析中，通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下，如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找，或者在染色体上对这些基因进行定位，那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。