基因家族分析--低成本SCI文章思路

生物信息发展迅猛,公共数据库中存放着海量的数据,如何利用这些公共数据结合自己的实验发一篇SCI?基因家族分析无疑是个低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家聊...


相分析基因家族发套路SCI文章可观看手把手教学:基因家族视频课程

生物信息发展迅猛,公共数据库中存放着海量的数据,如何利用这些公共数据结合自己的实验发一篇SCI?基因家族分析无疑是个低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家聊聊这类文章是怎么做的!


纵观全文,其主纵观全文,其主要的分析内容包含了常规的基因家族流程分析、转录组表达量分析及荧光定量PCR分析,文章刊发在2018的《BMC Genomics》(IF为3.7)上,下面是文章解读 要的分析内容包含了常规的基因家族流程分析、转录组表达量分析及荧光定量PCR分析,文章刊发在2018的《BMC Genomics》(IF为3.7)上,下面是文章解读

文章标题:

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摘要:

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分析的主要内容:


1、通过HMM搜索然后确定包含ACD domain的序列,并且分子量在15–42kDa范围之内,鉴定到48个马铃薯Hsp20基因家族成员。


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2、分析了Hsp20基因家族成员在进化上的关系,构建进化树时添加了水稻、大豆、水稻、杨树的Hsp20基因并且将StHsp20-29去掉(与其他序列的差异太大),进化树分成了12个亚族

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3,Hsp20 基因结构,将基因结构与进化树及motif汇整了一张图片。

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4、绘制基因在染色体的位置图,有的基因在染色体组成了基因簇。

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5、与胁迫相关的启动子区域顺式作用元件预测,利用在线工具(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)搜索了Hsp20基因家族成员启动子区域的顺式作用元件,发现StHsp20s除StHsp20-41外至少具有一种与胁迫相关顺式元件

attachments-2018-05-UYNpc7DZ5aeffaabc7b49.jpg6、利用转录组数据对Hsp20基因家族成员进行表达分析,除了StHsp20-2和StHsp20-45之外的基因在各种组织和器官中均有表达。

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7、利用RT-PCR分析StHsp20基因在热、盐及干旱胁迫条件下的表达, 14个Hsp20基因(StHsp20-4,6,7,9,20,21,33,34,35,37,41,43,44和46)在热应激的相对表达水平显着上调(超过100倍)。

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参考文献:

Zhao P, Wang D, Wang R, et al. Genome-wide analysis of the potatoHsp20gene family: identification, genomic organization and expression profiles in response to heat stress:[J]. Bmc Genomics, 2018, 19(1):61.

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