转录组测序样品收集指南

转录组测序中不同样本收集保存指南

随着测序技术越来越成熟,转录组测序研究中,RNA制备已经逐渐成为限制我们科研僧发表SCI的绊脚石。

众所周知,mRNA占比少又易降解,万一降解了,又得千辛万苦的重新制备样品,真的是为此伤透了脑筋.

今天就跟大家分享下转录组测序中,常见样品采样的一些小知识,希望能帮到大家。

将常见样品分为五大类:植物、动物、血液、微生物和互作类型,接下来就按分类一一讲述

一、植物组织样本

首先我们要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻(时间不要太短哦),待彻底冷冻后,转移至-80℃冰箱保存。

二、动物组织样本

若在实验室中取样,做好器械的消毒和去RNA酶处理的前期工作后,迅速对活体进行取样。取下的样品用RNase-free水迅速进行冲洗,吸干表面水分,放入预先放置在液氮中预冷的无酶管中,速冻一段时间,最后转入-80℃冰箱保存。

对于野外采样,无法携带液氮等情况时,可以使用RNA保护剂。用RNase-free水对样品表面进行快速清洗,然后迅速切割成规定的大小(约黄豆粒),将样品完全浸没在RNA保护剂中,可以置于4℃中过夜(使保护剂渗透进组织中),最后转移至-80℃冰箱保存。

另外很多老师用的是细胞样品,对于培养的细胞系,首先要确定细胞数量(建议5×106以上)。首先对收集好的细胞用1×PBS清洗几遍,贴壁培养的最好先用少量胰酶消化一下(切记不要消化过度),离心,弃PBS,加入适量的Trizol裂解液并反复吹打混匀,直至形成清亮透明的液体,转移至无酶管中,放-80℃冰箱保存。细胞量比较少的话,可以联系我们的技术同事,来针对性给出合理化建议以便RNA抽提。

三、血液样本

血液样品,我们要区分全血、血浆还是血清,不同的样本因为自身特性不同需要区别对待。

全血样品:记得一定要用抗凝采血管采集(不推荐肝素抗凝管,可用EDTA、柠檬酸钠抗凝剂的抗凝管),采血后轻轻倒转采血管混合4~5次,使抗凝剂与血液混匀。将采集好的全血快速转移至单独的冻存管或离心管,按照每250ul/管分装,加750ul(即三倍体积)的Trizol LS(家禽、鱼类等红细胞有核物种,按照 1:8 或 1:10 比例添加 Trizol LS/Trizol),混匀。液氮速冻后,放-80℃冰箱保存。每个环节尽可能的快速完成,避免RNA的降解。

血浆样品:要使用抗凝采血管采集,采集后颠倒混合,放于4℃静置分层或离心分离出血浆,分装,置于液氮速冻,放-80℃冰箱保存。

血清样品:使用不加抗凝剂的采血管采集全血,于4℃静置分层或离心分离出血清,分装,置于液氮速冻,放-80℃冰箱保存。

四、微生物样本

如果是液体培养的微生物,可取适量的菌液离心去上清,之后将沉淀收集起来放入液氮速冻一段时间,或加入Trizol进行裂解(革兰氏阳性菌需要先研磨),之后样品转移至-80℃冰箱保存。

如果是固体培养基上的真菌,取足量的菌丝体放入无酶管中进行液氮速冻,或加入适量的Trizol进行裂解,之后转移至-80℃冰箱保存。

五、互作转录组样本

尽量选取病灶部位进行取样,取样前确认取样的部分没有污染或者杂样。可通过qPCR,显微镜观察或者生理生化表型等方法确定侵入种的占比,选择合适的侵染时期进行研究。取样方法参考前文内容。

  • 发表于 2019-03-19 10:31
  • 阅读 ( 6292 )
  • 分类:转录组

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
美吉生物
美吉生物

测序专家

2 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 657 文章
  2. 安生水 327 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. rzx 67 文章
  8. xun 66 文章