转录组+?分析+?实验=2区文章

3分的转录组测序类文章需要补充很多实验么?

随着高通量测序技术的发展,越来越多的研究者或多或少的做了一些测序项目,其中尤以转录组测序类最多。

今天小编就给大家带来一篇2月28日发表在BMC Plant Biology(影响因子3.93,中科院分区二区)上的转录组测序文章。

该文章总的来说是转录组测序分析+荧光定量PCR验证+少量的实验,思路清晰,设计简单,值得借鉴!

attachments-2019-03-MvoasGAg5c8aff2f05ba7.jpg本文以银杏为实验材料,在取样之前,作者通过显微镜观察,来确认银杏胚珠花粉室形成过程中的各个阶段,从而确认取样时间点为花粉室形成前和形成后两个时间点,各3个生物学重复,共6个样品用于转录组测序分析。

attachments-2019-03-Z8WaNqHv5c8aff47ef25a.jpgattachments-2019-03-le6uVyHI5c8aff572f9e1.jpg为了评估样品的生物学重复的可靠性,作者做了PCA分析和相关性分析。attachments-2019-03-fybGSF9R5c8aff69ac534.jpg通过差异分析,共筛选出5599个DEGs,其中2533个上调DEGs,3066个下调DEGs。

attachments-2019-03-DQSZV1ja5c8aff77dc5b8.jpg通过GO分析发现,这些差异基因涉及了17 个biological processes,15个cellular components以及17 个molecular functions。作者进一步分析发现了一些和细胞程序性死亡或者细胞自噬相关的GO条目。attachments-2019-03-rtp8eWKg5c8aff84b890d.jpg通过KEGG注释分析发现,5599个DEGs共涉及了205个代谢通路,同时作者对这些差异基因做了KEGG富集分析。

attachments-2019-03-lM1kIbjI5c8aff9487eff.jpg

根据KEGG注释结果,作者发现了植物激素信号转导途径,该途径一共有72个DEGs,其中大部分参与生长素、细胞分裂素、乙烯、赤霉素等代谢途径。

其中乙烯信号途径是显著富集的KEGG代谢途径之一。作者进一步分析了涉及该信号途径的基因的差异表达情况以及乙烯的含量变化情况。

同时,作者也分析了乙烯信号途径的下游途径,重点分析了和PCD启动以及PCD执行相关的转录因子、酶以及基因。

attachments-2019-03-wgKAahKS5c8affab25ea8.jpg

作者结合Nr注释结果,发现99个DEGs与PCD显著相关,并且这些DEGs参与了不同的PCD过程。

为了进一步研究珠心细胞程序性死亡的调控途径,作者根据拟南芥的同源序列,构建了蛋白互作网络图。

attachments-2019-03-jr0NGAoX5c8affb89735c.jpg作者挑选了10个上调和14个下调的差异基因进行RT-qPCR的验证,结果表明转录组测序分析结果是合理且准确的。

attachments-2019-03-tFmndOPa5c8affc8776ff.jpg钙离子细胞定位实验表明:银杏花粉室形成过程中的珠心细胞程序性死亡事件中,钙离子起着调控作用。

attachments-2019-03-tWSzyyli5c8affd5da2c8.jpg最后,作者结合前人的研究进展和自己的实验结果进行了讨论,并提出了在花粉室形成过程中珠心细胞程序性死亡的初步模型。

attachments-2019-03-fFgKCtZm5c8affe2dbf85.jpg到这里,这篇转录组文章就完成了,需要文献原文的老师请关注“组学大讲堂”微信公众号,转发该文章至您的朋友圈并截图,然后在公众号对话框内发送截图证明并留言 “银杏” 即可获得原文献!(注意关键词需写全)。

更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课,学习链接:linux系统使用perl入门到精通perl语言高级R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章,学习链接:TCGA-差异基因分析GEO芯片数据挖掘GSEA富集分析课程TCGA临床数据生存分析TCGA-转录因子分析TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他课程链接:二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读

attachments-2019-01-2BQ340Qh5c4fc7596f86d.jpg



  • 发表于 2019-03-15 09:30
  • 阅读 ( 3563 )
  • 分类:转录组

0 条评论

请先 登录 后评论
生信老顽童
生信老顽童

59 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 654 文章
  2. 安生水 325 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. rzx 67 文章
  8. xun 66 文章