vcftools过滤指定缺失率的变异位点

vcftools过滤指定缺失率的变异位点

vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing


具体用法如下:

下图为原始vcf文件。

attachments-2019-01-Xf5Oe1Kc5c2f13193a80a.jpg

运行以下命令:

vcftools  --vcf snp.vcf  --recode --recode-INFO-all --stdout  --max-missing 1 > snp.new.vcf

--max-missing 后跟的值为 0-1 ,1代表不允许缺失,0代表允许全部缺失


最后,得到的vcf文件中snp位点都是没有缺失的。



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  • 发表于 2019-01-04 16:05
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  • 分类:软件工具

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安生水
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