筛选VCF中指定位置变异位点

筛选VCF中指定位置变异位点

在做DNA重测序,BSA等项目都会遇到VCF文件,有时候会需要挑选出某些区域的变异信息。这里有简单的方法可以实现。

我们需要用到vcftools这款软件,它是专门处理VCF文件的工具,只需要一条命令就可以完成。


vcftools --vcf Variants.snp.unknown_multianno.vcf --chr A03 --from-bp 577700 --to-bp 607700 --out out_prefix --recode --recode-INFO-all


这里解释一下各个参数  

    --vcf    后面跟的是vcf文件

    --chr    后面跟筛选区域所在的染色体

    --form-bp    后跟筛选区域的起始位置

    --to-bp        后跟筛选区域的终止位置

    --out    输出文件的前缀

    --recode    没有此参数则不会输出

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  • 发表于 2018-08-10 14:25
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  • 分类:软件工具

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安生水
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