做韦恩图?自己搞定!

韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的大致关系。小编来介绍几种常用在线绘制韦恩图的工具,简单易学!

韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。绘制韦恩图的工具有很多,在此,小编简单介绍几种在线绘制韦恩图的工具

1. Venny 2.1

软件地址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

Venny 2.1可以绘制4维及以下的韦恩图,用法如下图所示:

attachments-2018-07-76iHb1K25b593a74ef8fd.jpg

首先在左侧四个方框中输入各组数据,其上方可修改组合名称,软件会计算各组数据的重叠,并绘制圆圈大小相同的维恩图。在右侧的上方可以对图片进行简单修改,例如文字大小、线条粗细以及颜色等。点击每个区域的数字,在左侧下方可以显示该区域的基因列表。右键鼠标选择“图片另存为”可以保存图片,格式为PNG。

2. Draw Venn Diagram

软件地址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

Draw Venn Diagram 能够绘制多维韦恩图,用法如下图所示:

attachments-2018-07-upObtPgT5b593a9202981.jpg

左侧输入数据,这里既可以导入文件,也可以直接输入组合的列表,如果输入框不够,可以点击"Add"添加新的输入框。右侧可填写对应组合的名称。以输入列表为例,点击提交,短暂等待后可得到结果文件。如下:

attachments-2018-07-ni5BOry05b593aa3e77c8.jpg

首先是输入数据的统计情况,之后是得到的维恩图,有两种格式(PNG和SVG)可以下载,最后是各区域的基因列表,此文件可以导出。

3. BioVenn

软件地址:http://www.biovenn.nl/index.php

BioVenn只能绘制3维及以下的韦恩图,不过圆圈的大小可以随数据集大小而变化,并且对图片的编辑选项也更多,更能映射到Ensembl gene ID,用法如下图所示:

attachments-2018-07-vNKFjcjm5b593ab52ff1f.jpg

左侧上方的几个输入框是图片标题、副标题和3个数据集名称的输入地方,后面可以选择对应文字的字体、大小和颜色。还有是否显示数字可供选择。中间彩色的是输入各组数据的位置,同样有两种输入方法,最后可以修改圆圈的填充色。紧挨着下方红框选项可以将Affymetrix或EntrezGene IDs  映射为Ensembl Gene IDs。再下方的红框选择生成哪种格式的图片,在SVG格式下,图片中所有文字都是可以直接拖拽的(系统生成的图片文字位置可能会不太合适,我们可以自己调整一下)。生成图片后会在最下方显示统计的数据,点击数字会显示基因列表。

好了,今天小编就先给大家介绍这三款简单易用的韦恩图绘图工具,希望对您的科研能有所帮助!祝您工作生活顺心快乐!

R语言也可绘制韦恩图,具体请见 R语言绘图基础(ggplot2) 。


此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接:

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031480318

  • 发表于 2018-07-26 11:08
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  • 分类:软件工具

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安生水
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