MCScanX 在biolinux上安装及使用

MCScan安装与共线性分析练习

内容已经更新,可观看《基因家族分析实操课程》MCScanX分析使用;

一、软件安装

1.安装软件下载地址主页:MCScanX

MCScanX源码地址,把这个文件下载下来:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip

下面的代码,可在我们的biolinux系统上直接执行,创建目录及下载:

cd /biosoft

sudo wget http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip
如果下载比较慢,可通过虚拟机共享目录传递过去;


2,下载完成之后,就可以解压安装了:

unzip MCScanX.zip
cd MCScanX make

因为/biosoft 为root的目录,所以遇到权限问题时在命令前面加sudo 之后再运行就没问题了;

如果安装过程中报错,可参照:http://www.omicsclass.com/article/104


二、基因家族复制加倍分析(练习)

官方网站上提供测试代码,还有测试数据,存放在MCScanX安装目录的data目录当中,非常适合初学者练习:

attachments-2018-07-Cg8VO0hP5b42f5372e3a9.jpg

data目录数据:

attachments-2018-07-aGsAbcCk5b42f58ed9f1b.jpg


1.先来运行一下共线性分析(物种内,拟南芥为例第一个例子)

使用拟南芥的测试数据at开头的文件,用了data目录下的两个文件,at.gff 和at.blast 分别为基因的位置信息和blast比对结果:

官方例子:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example1.php

sudo ./MCScanX data/at

运行完成之后生成文件如下:

attachments-2018-07-9lFMGRaI5b42f6815866a.jpg

其中at.collinearity 为共线性结果,at.tandem为串联重复基因结果,这两个文件最重要;


2.结合基因家族分析基因加倍与复制

上面做完全基因组共线性分析后,可根据自己的基因家族信息,绘制基因家族圈图:

官方例子:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example12.php

代码如下

http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/family.ctl
wget http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/MADS_box_family.txt
sudo java family_circle_plotter -g ../data/at.gff -s ../data/at.collinearity -c family.ctl -f ../data/MADS_box_family.txt -o MADS.circle.PNG

attachments-2018-07-S4U3ZR2B5b42f7aa8386b.jpg灰色背景为拟南芥全基因组的共线性结果,红色为基因家族的共线性结果;

4.再来运行物种间的共线性分析(第二个例子,Rice (os) and sorghum (sb)共线性分析)

官方例子地址:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example7.php

sudo ./MCScanX data/os_sb

运行结果文件:os_sb.collinearity , os_sb.tandem

结果可视化:

首先,切换到downstream_analyses目录下,然后下载四个绘图控制文件,*ctl,之后就可以利用结果文件绘图了,代码如下:

http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/dot.ctl
http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/dual_synteny.ctl
http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/circle.ctl
http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/bar.ctl
java dot_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c dot.ctl -o dot.PNG
java dual_synteny_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c dual_synteny.ctl -o dual_synteny.PNG
java circle_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c circle.ctl -o circle.PNG
java bar_plotter -g ../data/os_sb.gff -s ../data/os_sb.collinearity -c bar.ctl -o bar.PNG

结果图展示:

dot.PNG

attachments-2018-07-7rkbaLU25b42fe3987203.jpg


当然网站上还有其他示例代码和数据(Examples中),大家可以自行操作练习。

还是不会,可观看《基因家族分析实操课程》,里面有MCScanX的详细使用和操作说明;


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  • 发表于 2018-07-09 13:58
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  • 分类:软件工具

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