R语言绘制维恩图空值NA处理

行数不同的数据读入R,批量去除NA,绘制韦恩图。

绘制venn图的时候,我们数据的ID中有缺失值,也就是不同的ID行数不一样,需要绘制韦恩图,那么空值就读成了NA,需要去除才行;

数据如下,不同比较组的得到的差异基因ID,需要用R绘制韦恩图:

attachments-2018-07-lBgzOWeZ5b3dd193bca21.jpg

代码及注意事项如下:


library(Vennerable)
#由于行数不一样,设置fill参数;na.strings 设置空值为NA:
All_DEG_venn<-read.table("All_DEG_venn.genes",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,fill=T,na.strings="")
colnames(All_DEG_venn)<-c("DAF2 vs GDAF2","DAF5 vs GDAF5","DAF11 vs GDAF11","DAF16 vs GDAF16")
#去除数据中的NA,以免多计数
All_DEP_ID=apply(All_DEG_venn,2,na.omit)
datav<-Venn(All_DEG_venn)
plot(datav,doWeight=F,type="ellipses")

attachments-2018-07-gz7S8Npx5b3dd36c13ff6.jpg

  • 发表于 2018-07-05 16:16
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  • 分类:R

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