提取bam/sam文件指定区域reads

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads,可以使用samtools和bedtools来实现。  首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置               ...

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads,可以使用samtools和bedtools来实现。

 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置 
              例: 12  21100  41200  #取12号染色体21100-41200区间的序列

之后如果是sam文件,先转成bam文件:
samtools view -Sb  reads.sam >  reads.bam
然后就可以使用bedtools来提取reads啦,命令如下:
bedtools  intersect  -a  reads.bam -b  region.bed > target_reads.bam

转换成fastq:

samtools fastq  -1 r1.fq.gz -2 r2.fq.gz target_reads.bam
 


  • 发表于 2018-05-18 09:34
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  • 分类:软件工具

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安生水
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